Litauen nævnes første gang i skriftlige kilder i år 1009. Landet blev samlet i 1200-tallet af storfyrste Mindaugas, der lod sig krone til konge den 6. juli 1253 (6. juli fejres som dagen for Litauens statsdannelse). Storfyrste Gediminas (1315-40) er stamfader til storfyrstendømmet i Litauen, som han og hans sønner udvidede mod øst og syd, så det kom til at strække sig fra Østersøen til Sortehavet omfattende vore dages Belarus og Ukraine. Hans sønnesøn, storfyrste Jogaila, giftede sig i 1386 med Polens regerende dronning, Jadwiga, hvorved han også blev konge af Polen. Et polsk-litauisk rige var skabt. Med til giftermålet hørte, at Jogaila lovede at indføre kristendommen i Litauen.
Med undertegnelsen af Lublin-traktaten i 1569 etableredes en polsk-litauisk realunion. ”Poloniseringen” af Litauen tog dermed yderligere fart og kom til at påvirke alle aspekter af det litauiske samfund: økonomi, politik, sprog, kultur og nationalidentiteten. Fra midten af 1500-tallet til midten af 1600-tallet blomstrede kunst, kultur og uddannelse, og Vilnius Universitet blev grundlagt i 1579.
Delingerne af den polsk-litauiske union i 1772, 1793 og 1795 bragte størstedelen af Litauen under Rusland, mens en mindre del tilfaldt Preussen. Litauen forsvandt fra landkortet som nation indtil 1. Verdenskrig.
Da Litauen blev underlagt Rusland, blev der ført en stadig mere repressiv politik i Litauen, og landet blev styret af russiske embedsmænd. I perioden 1864-1904 var det forbudt at trykke bøger på litauisk og anvende det litauiske alfabet. Russisk blev undervisningssproget i skolerne. ”Russificeringen” af Litauen skabte en litauisk nationalfølelse, som medførte en opblomstring af litauisk sprog og kultur. Den 16. februar 1918 erklærede Litauen sig uafhængigt, mens landet stadig var besat af tyske tropper. Derfor fejres den 16. februar også som Litauens nationaldag.
Hovedstaden Vilnius (grundlagt af storfyrste Gediminas) og området omkring Vilnius blev besat af den polske hær i 1920. Kaunas fungerede som midlertidig hovedstad i Litauen fra 1920 til 1939, hvorefter det med hjælp fra Sovjetunionen lykkedes Litauen at få Vilnius-området tilbage.
Efter udbruddet af 2. Verdenskrig besatte Sovjetunionen Litauen den 15. juni 1940 i forlængelse af Molotov-Ribbentrop-pagten, hvor det blev accepteret, at Litauen skulle være en del af den sovjetiske indflydelsessfære.
Da Tyskland angreb Sovjetunionen i juni 1941, trak de sovjetiske tropper sig tilbage, og Litauen blev besat af Tyskland. Under nazisternes besættelse blev hovedparten af den meget betydelige jødiske befolkning udryddet. Af i alt ca. 210.000 litauiske jøder blev omkring 196.000 dræbt.
I 1944 tvang Den Røde Hær Tyskland ud af Litauen, og Litauen blev igen indlemmet som republik i Sovjetunionen. Litauen blev udsat for en ”sovjetisering”, som bl.a. indebar nationalisering og kollektivisering samt omfattende arrestationer og deportationer til Sibirien. I løbet af den sovjetiske besættelse af landet blev over 156.000 mennesker fængslet og 130.000 deporteret.
Den litauiske modstand imod besættelsen var stor, og fra 1944 til 1953 opererede en partisanbevægelse på mere end 50.000 i de litauiske skove og landdistrikter (kaldet ”skovbrødre”). Mere end 20.000 partisaner og hjælpere blev dræbt i kampen mod sovjetmagten.
I 1988 dannedes reformbevægelsen Sajudis under ledelse af Vytautas Landsbergis, der vandt bred opbakning i befolkningen. Bevægelsens målsætninger blev hurtigt at genskabe et uafhængigt Litauen. En del af bevægelsens krav blev imødekommet af Litauens Øverste Sovjet, herunder anerkendelse af litauisk som officielt sprog, forrang for litauisk lovgivning i forhold til sovjetisk lovgivning og en erklæring om, at den litauiske sovjetrepubliks indlemmelse i Sovjetunionen var ugyldig. Politiske partier blev tilladt, og restriktionerne mod religionsudøvelse blev lempet. Inden for kommunistpartiet var der ligeledes kræfter, der arbejdede for uafhængighed. I 1989 brød man med kommunistpartiet i Moskva.
Bruddet med det sovjetiske kommunistparti blev støttet af et flertal i Litauens Øverste Sovjet, og der blev udskrevet valg i begyndelsen af 1990, hvor uafhængige kandidater fik mulighed for at deltage. Ved valget fik tilhængerne af uafhængigheden et overvældende flertal, og det nyvalgte parlament, Det Øverste Råd, erklærede den 11. marts 1990 Litauen uafhængigt (11. marts fejres også som nationaldag). Litauen var dermed den første sovjetrepublik, der erklærede sig uafhængig af Sovjetunionen. Sovjetunionen anderkendte dog ikke selvstændigheden og i januar 1991 forsøgte det sovjetiske militær at genoprette kontrollen. Det førte blandt andet til 14 civile døde, da de sovjetiske styrker forsøgte at storme TV-tårnet i Vilnius. Først i 1993 forlod de sidste tidligere sovjetiske tropper Litauen.
Efter Litauens genvundne selvstændighed stræbte landet at blive en integreret del af det vestlige fællesskab, og Litauen søgte allerede om medlemskab i NATO i 1994. Den 29. marts 2004 blev Litauen medlem af NATO og i maj samme år også medlem i EU.
