1989-: Nye tider, nye udfordringer
I 1991 gik man organisatorisk væk fra den gamle kontorinddeling efter fagområde, som havde eksisteret siden 1920erne. I stedet inddeltes man nu efter geografisk område
Hver ”gruppe” havde dertil et antal stabsenheder til understøttelse af deres arbejde (f.eks. StN, StS, StF)

- Åbning af ambassade
i Moldova (image1.ashx (1293×1066))
I 2009 blev organisationen igen forandret til at være bygget op af forskellige ”centre” (som dækkede sit faglige område), der hver især var ledet af en centerchef. Hver centerchef var dertil underordnet en af 5 direktører. Nogle centre kunne have flere kontorer. Centrene havde følgende navne:
Center for Sikkerhed, Drift og Digitalisering
Samtidig blev direktørstillingen omdøbt til departementschef (på linje med samtlige andre danske ministerier).
I 2019 blev center-strukturen tilpasset og centrene blev erstattet af 5 faglige fællesskaber, der hver havde en fagansvarlig direktør. Pr. 2025 findes seks nedenstående faglige fællesskaber:
I 2025 har antallet af ansatte i Udenrigstjenesten stabiliseret sig på ca. 1.000 ansatte i Udenrigsministeriet, ca. 500 udsendte diplomater på repræsentationerne samt ca. 1.500 lokalt ansatte på repræsentationerne.